小说的故事发生在油麻地，故事中通过对主人公男孩桑桑刻骨铭心而又终身难忘的六年小学生活地描写，讲述了五个孩子，桑桑、秃鹤、杜小康、细马、纸月和油麻地的老师蒋一轮、白雀关系的纠缠和孩子们苦痛的成长历程。
六年中，桑桑亲眼目睹或直接参与了一连串看似寻常但又催人泪下、感动人心的故事：少男少女之间毫无瑕疵的纯情，不幸少年与厄运相拼时的悲怆与优雅，垂暮老人在最后一瞬间所闪耀的人格光彩，在体验死亡中对生命的深切而优美的领悟，大人们之间扑朔迷离且又充满诗情画意的情感纠葛……这一切，既清楚又朦胧地展现在少年桑桑的世界里。这六年，是他接受人生启蒙教育的六年。

《十六岁少女》内容讲述了每个时代有每个时代的剧情，每个女孩儿的十六岁却怀揣着同样的心情：任性、羞涩、敏感、不安、仓皇失措。十六岁的秋天，“我”如愿以偿追赶上北上的列车，把那个上海弄堂里的家远远甩在身后。于是，生命迎来了一片冰天雪地。四个女孩子在黑龙江的山林里经历了为爱情奔走的痴狂、人生大起大落的壮阔、失去生死之交的惨烈……人性的卑微与光彩早早上演。她们的青春迎面赶上了一个激情燃烧的岁月，无处躲避，只有在人生的大悲喜里坚韧成长。那是一群不向命运低头的年轻人。